Первое упоминание о суде датировано 1780 годом, в этом году был открыт Земский Суд, расправным судьей определен капитан Коротнев.

12 декабря 1872 года, Высочайше утверждено мнение Государственного Совета о Введении в первой половине 1873 года в пяти уездах Вологодской губернии (в том числе и Тотемском) мировых судебных установлений. Выборы Мировых Судей, которых для города и уезда назначено трое, произведены в чрезвычайном Уездном Земском Собрании 15 ноября 1873 года. Мировые судьи вступили в исполнение своих обязанностей с ноября 1873 года.

22 ноября 1917 года Советское правительство официально, в законодательном порядке упраздняет все ранее существующие общие судебные установления, как-то: окружные суды, судебные палаты и правительствующий сенат со всеми департаментами, военные, морские и коммерческие суды, принимая Декрет о суде.

Декрет о суде был опубликован 24 ноября 1917 года и вошел в историю Советского государства как Декрет № 1. Данный декрет приостановил действие института мировых судей, заменив их судами местными в лице постоянного местного судьи и двух заседателей. Заложив основы нового типа правосудия, Декрет о суде сыграл историческую роль.

В развитие и дополнение Декрета о суде № 1 ВЦИК 7 марта 1918 года издал Декрет о суде № 2, в редактировании которого принимал участие В.И. Ленин. Этим Декретом предусматривалось создание целой системы судебных органов:

-местные народные суды;

-областные народные суды;

-Верховный судебный контроль.

20 июля 1918 года СНК принял Декрет о суде № 3. На местные народные суды возлагалось рассмотрение всех уголовных дел о преступлениях и проступках.

30 ноября 1918 года ВЦИК утвердил Положение о народном суде РСФСР. На территории Вологодской губернии Положение о народном суде было введено в 1918 году на основании Постановления Вологодского Губернского отдела юстиции от 23 декабря 1918 года. Положение вводило единые народные суды и ликвидировало окружные народные суды и кассационный суд.

После принятия сессией ВЦИК 11 ноября 1922 года Положения о судоустройстве РСФСР началась реорганизация судебной системы, получившая название «Судебная реформа 1922 года». Вышеуказанным Положением вводилась единая система судов:

-народный суд (в составе одного народного судьи и двух народных заседателей);

-губернский суд;

-Верховный суд РСФСР.

Дальнейшая перестройка применительно к административному делению страны, введенному повсеместно в 1928-1930 годах, значительно укрепила советские народные суды.

В 1928 году в связи с ликвидацией губерний были упразднены губернские суды, а в 1930 году в связи с ликвидацией округов - окружные. Судебная система стала состоять из звеньев:

-народные суды;

-областные суды;

-Верховный суд.

До 1985 года Тотемский народный суд размещался в старом деревянном здании с печным отоплением.

В 1985 году построено типовое двухэтажное кирпичное здание для нарсуда и прокуратуры с просторными залами судебных заседаний, рабочими кабинетами для судей, большими холлами на первом и втором этажах. Здание спроектировано для двухсоставного суда, в котором располагалась прокуратура, нотариальная контора и адвокат. С 2004 года здание полностью принадлежит суду. В связи с расширением штата суда (суд стал пятисоставным), проведен косметический ремонт с перепланировкой помещений. Метраж здания позволил оборудовать дополнительный зал судебных заседаний, рабочие кабинеты для судей и аппарата суда; в подвале здания оборудован архив, отвечающий всем требованиям.

На основании Федерального закона от 28 февраля 2009 года № 27-ФЗ «Об упразднении некоторых районных судов Вологодской области» 3 марта 2010 года произошло упразднение Бабушкинского районного суда. Осуществление правосудия на территории Бабушкинского муниципального района передано в юрисдикцию Тотемского районного суда. Суд из пятисоставного стал семисоставным, введена должность заместителя председателя суда в судебном присутствии в селе имени Бабушкина.

Здание Тотемского районного суда в селе имени Бабушкина располагается в двухэтажном деревянном здании, в котором в 2010 году закончен капитальный ремонт. У каждого судьи имеется рабочий кабинет, зал судебных заседаний, рабочими кабинетами обеспечен аппарат суда, имеется помещение для архива.

В 2011 году для эффективного и качественного обеспечения отправления правосудия в Тотемском районном суде создан общий отдел, в который вошли секретари судебного заседания и работники канцелярии суда. Введена должность заместителя начальника общего отдела в судебном присутствии в селе имени Бабушкина.

В настоящее время в Тотемском районном суде работают шесть федеральных судей, шесть помощников судьи, шесть секретарей судебного заседания, администратор суда, начальник общего отдела, заместитель начальника общего отдела, два главных специалиста, ведущий специалист, секретарь суда и 14 работников по обеспечению охраны и обслуживания зданий суда.